Er bestaan meerdere contra-indicaties bij acupunctuur. De eerste is om geen acupunctuur behandelingen te ondergaan tijdens een zwangerschap. Dit kan tot een abortus leiden. Ten tweede moeten mensen met suikerziekte voorzichtig zijn, want tijdens of na een behandeling kan de bloedsuikerspiegel snel en aanzienlijke dalen. Ten derde bestaan er relatiev contra-indicaties zoals het plaatsen van naalden,
- in de aangedane gebieden bij de Sudeckse dystrofie,
- na zware lichamelijke arbeid,
- bij uitputting of honger en
- bij angst voor de behandeling.
Ten vierde kan langdurig gebruik van cortisonen zoals Prednison bij astma patiënten acupunctuur ineffectief maken. De reden hiervoor is dat het de reactiepatroon van de patiënt blokkeert. Ten slotte is het mogelijk dat (oor)acupunctuur de menstruatie kan verstoren. Het wordt dan ook aangeraden om aan de acupuncturist door te geven of er sprake is van zwangerschap of menstruatie. Bij menstruatie kan de behandeling pas na de eerste twee dagen na de cyclus worden begonnen met de behandeling.